La fauna del municipio se localiza principalmente en la zona de los Puertos. Es de influencia netamente ibérica y norteafricana. Entre los mamíferos hay destacado siempre la cabra montés (Capra pyrenaica ssp. Hispanica). La cabra montés es un endemismo de la Península Ibérica, y uno de los ungulados más característicos del monte mediterráneo peninsular. Antiguamente ocupaba el plano y el monte bajo, como evidencian los fósiles y pinturas rupestres del Cuaternario. Actualmente, debido a la actividad humana, se encuentra recluida en el macizo de los Ports, aunque se ha extendido también a las montañas de los alrededores (sierras de Cavalls y Pàndols, sierra de Cardó), y se ha reintroducido en las montañas de Montserrat con ejemplares procedentes de los Puertos.

También encontramos el jabalí (Sus scrofa), con una población que ha ido aumentando por la falta de depredadores y por los profundos cambios socioeconómicos experimentados durante los años sesenta, que han producido un despoblamiento de amplias zonas rurales. También están presentes el tejón (Meles meles), que habita tanto las partes altas de los Puertos como las más bajas del término; la nutria (Lutra lutra), recluida en los lugares más solitarios y salvajes y que en el río Algars tiene uno de sus mejores refugios en Cataluña; la gineta (Genetta genetta) -se cree que las llevaron los árabes en la Península-, que no habita las zonas más altas del término, y el gato montés (Felis sylvestris), que habita las zonas forestales y del que, dentro de los Puertos de Horta, se han realizado últimamente liberaciones de ejemplares con el objetivo de reforzar la escasa población autóctona.

Hoy hay un buen número de parejas de buitres establecidas en el término de Horta, repartidas entre las Rocas de Benet y las Gronses. En cuanto al resto de rapaces diurnas, el gavilán (Accipiter nisus) y el azor (Accipiter gentilis) han sufrido un descenso importante en los últimos diez años. El más abundante es el cernícalo (Falco tinnunculus), y es notable la presencia de halcón (Falco peregrinus). La situación del águila real (Aquila chrysaetos), con unas cinco parejas en la zona septentrional de los Puertos.

En cuanto a los reptiles, las serpientes son la especie más conocida. Las más frecuentes son la serpiente verde (Malpolon monspessulanus), la serpiente de agua (Natrix maura) y la culebra o de escalera (Elaphe scalaris). Menos comunes son la culebra de herradura (Coluber hippocrepis), la culebra lisa meridional (Coronella girondica) y la culebra lisa septentrional (Coronella austriaca); la más peligrosa es la víbora (Vipera latasti). Dentro de los reptiles también se encuentra el eslizón (Chalcides bedriagai), de muy mala fama entre los habitantes, pero sin fundamento. La eslizón en esta zona tiene uno de sus únicos refugios en Cataluña. El dragón (Tarentola mauritanica) es termófilo, xerófilo y nocturno, y aparece en las zonas bajas en márgenes y habitaciones humanas (antropófilo), y el lagarto (Lacerta lepida) tiene preferencia por las zonas próximas a los cultivos (almendros, viñedos).